Het bestuur van de Modulaire Gemeenschappelijke Regeling Regio Rijk van Nijmegen is samengesteld uit bestuurlijke vertegenwoordigers uit de regio. Het bestuur bestaat uit het algemeen bestuur en het dagelijks bestuur. Het dagelijks bestuur bereidt de vergaderingen van het algemeen bestuur voor en voert de besluiten van het algemeen bestuur uit. Voor de module WerkBedrijf is er daarnaast nog een bestuurscommissie Werk. De bestuurscommissie Werk adviseert het dagelijks bestuur over alle besluiten op het gebied van WerkBedrijf.